PMF 鉴定(肽质量指纹图谱鉴定)
来源于电泳的蛋白点，蛋白条带，或者液相制备的纯品固体，液体等，经过适当酶解后，通过高效液相 HPLC，或者质谱 MS进行酶切组分的质量谱检测。
Shotgun（鸟枪法）蛋白质混合物鉴定
Shotgun（鸟抢法）蛋白质混合物鉴定的基本原理是蛋白质溶液或经过SDS-PAGE分离的蛋白质条带经过酶解后形成肽段混合物，肽段混合物经过一维液相色谱或二维液相色谱分离，串联质谱检测，然后通过在相应的数据库中检索，从而鉴定蛋白质
蛋白质谱测序
用 Nano-LC-ESI-MS/MS蛋白鉴定技术和Label-Free定量技术对蛋白凝胶样本（SDS-PAGE样本）、IP、co-IP、Pull-down等纯化溶液样本进行蛋白鉴定。