磷酸化是细胞信号转导与调控中最常见也是最关键的蛋白质翻译后修饰（PTM）之一。在蛋白质组学中，质谱（Mass Spectrometry, MS）是检测磷酸化位点的核心工具，而其中DDA和DIA是两种主流的数据采集方式。它们在磷酸肽的识别深度、定量精度、重现性等方面表现差异显著。

一、技术原理对比：DDA vs DIA

1、DDA（Data-Dependent Acquisition）

DDA是一种“依赖信号强度”的方式，在全扫描（MS1）后，仪器自动挑选强度最高的前N个离子进行碎裂（MS2），并生成谱图用于鉴定。

（1）优点：

• 可生成高质量MS/MS谱图，利于谱图库构建；
• 软件生态成熟，支持de novo鉴定。

（2）缺点：

• 偏向高丰度肽段，低丰度磷酸肽易遗漏；
• 重复性差，不同批次中MS2目标可能不同；
• 随机性高，难以用于大规模定量比较。

2、DIA（Data-Independent Acquisition）

DIA是一种“无差别全面采集”的方式，将MS1扫描范围划分为连续的窗口，每个窗口中的所有离子都会被碎裂并记录MS2谱图。

（1）优点：

• 全覆盖采集，低丰度磷酸化肽检测能力强；
• 重复性和定量精度高，适合大样本研究；
• 可后期挖掘（数据可追溯性强）。

（2）缺点：

• 数据解析复杂，依赖高质量谱图库或AI算法；
• 初始方法建立较为复杂，算力需求较高。

二、在磷酸化蛋白质组学中的应用差异

1、磷酸肽识别能力

• DDA更适合高丰度、背景简单的样本；
• DIA对复杂样本中低丰度磷酸肽识别更全面，在细胞信号通路研究中表现更优。

2、 重复性与定量精度

• DDA在不同批次中的采集结果差异大；
• DIA具有更高的一致性，非常适合多组学、动态时间点或大队列研究。

3、 数据可再利用性

• DDA仅采集部分谱图，后期难以重分析；
• DIA采集“全谱”，支持后期新算法重新分析，具有更长的数据生命周期。

三、实际研究中如何选择？

四、百泰派克生物科技的解决方案

在磷酸化蛋白质组学研究中，百泰派克生物科技整合DDA与DIA两种策略的优势，提供多种技术服务方案：

• 利用DDA建立磷酸化谱图库；
• 结合DIA高通量采集，实现大规模磷酸化定量；
• 采用先进AI算法（如DIA-NN、Spectronaut）支持library-free DIA分析；
• 提供磷酸化修饰富集、定量、通路分析一站式服务。

百泰派克生物科技的DIA分析平台，基于高分辨Orbitrap和自主优化的样本制备流程，可实现单次实验中识别超过10,000个磷酸化位点，广泛应用于信号通路研究、药物靶点筛选及临床标志物探索等领域。

DIA和DDA在磷酸化蛋白质组学中各有优势，选用何种策略应结合研究目标、样本数量、实验预算与数据分析能力综合判断。对于希望深入挖掘信号通路调控机制、动态监测激酶活性或开展磷酸化标志物研究的科研人员来说，DIA正成为更加高效、可重复、易扩展的理想选择。在百泰派克生物科技，我们针对磷酸化蛋白组学提供全面的DIA与DDA数据采集与分析解决方案，助力客户实现从修饰位点挖掘到功能机制解析的全流程研究。如需进一步了解我们的服务流程与项目案例，欢迎随时联系我们的技术团队。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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